pthread_cond_timedwait(3)の3つめの引数abstimeは、そのまま使う限り、マニュアルにある通り、
abstime パラメタは time(2) と gettimeofday(2) の起点を同じくする絶対時間を指定する。になる。
ただ、組み込みなど時刻が不安定だったり頻繁に再設定されたりするシステムでは、この絶対時刻はネックになる。一気に古い時刻が設定されたりするとずっとタイムアウトしなくなってしまったりなど。２ちゃんねるのスレッドのレス58番あたりからの議論など。
今時のglibcのlibpthreadには、POSIX仕様的にオプション扱いのpthread_condattr_setclock(3)に対応しているので、それを使えばよい。具体例はこのへん。手元パソコン(Ubuntu 16.04)ではmanしても出てこなくてどうなのかと思ったけど、特に問題なく使えた。
テスト用に作ったサンプルプログラム pthread_condattr_setclock.c
